1948年1月15日我国赴美国学习农业工程专业的19名留学生在美国加利福尼亚州STOCKTON城召开了"中国农业工程师学会"首次筹备会。由于历史原因于1979年在浙江省杭州市召开了中国农业工程学会第一次全国代表大会，正式成立了中国农业工程学会。
中国农业工程学会是中国科学技术协会所属的全国一级学会,是国际农业与生物系统工程学会（CIGR）的国家会员。作为学术性、综合性和社会公益性科技社团，中国农业工程学会通过组织各项活动广泛团结、组织农业工程科技工作者，促进农业工程科技创新与繁荣发展，加强农业工程的普及与推广，加快科技人才的成长和提高，成为党和政府联系农业工程科技工作者的桥梁和纽带，是国家发展农业和农业工程科学技术事业的参谋和助手，是促进农业和农村经济发展的重要社会力量。
中国农业工程学会现有25个分支机构，设有学术交流、国际交流、科学普及、咨询及青年科技5个工作委员会；农业信息与电气工程、农业遥感、农业机械化与装备、乡村规划与设计工程、设施园艺工程、教育、种业装备工程、农村能源工程、农产品加工与贮藏工程、农业系统工程、数字乡村工程、畜牧工程、农业水土工程、农业工程标准化、土地利用工程、山区资源综合开发利用、水产工程、蓖麻经济技术、农业航空、编辑出版指导委员会等20个专业委员会、分会，拥有万余名会员。全国有23个省、自治区、直辖市设立了农业工程学会。
中国农业工程学会组织出版《农业工程学报》、《农业工程技术》、《中国农业工程学会会讯》等刊物及相关文集。
中国农业工程学会的办事机构学会秘书处设在农业农村部规划设计研究院。
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