2006中国科协年会于9月16日在北京召开。此次会议的主题是“提高全民科学素质，建设创新型国家”。农业工程专题会场由中国农业工程学会和北京市农业工程学会共同主办，会议主题为“农业工程与新农村建设”。16日上午农业工程专题会场全体代表参加了在人民大会堂举行的2006中国科协年会开幕式。
9月16日下午，2006中国科协年会第六分会场举行了开幕式和大会学术交流活动。分会场由中国农学会、中国农业工程学会和中国水土保持学会共同主办，会议主题为“现代化农业与新农村建设”。中国农学会副秘书长邹瑞苍主持开幕式，中国工程院院士、原中国农业科学院院长卢良恕教授致开幕词，全国人大常委、中国农业大学校长陈章良教授致欢迎词，中国农业工程学会理事长、中国工程院院士汪懋华教授，中国工程院院士关君蔚教授，中国农业工程学会常务副理事长、农业部规划设计研究院院长朱明研究员，北京林业大学原校长、中国水土保持学会副理事长朱金兆教授，中国农业工程学会副理事长、全国政协常委、农业部规划设计研究院副院长杨邦杰研究员分别作了题为：“农业综合生产能力与新农村建设”、“新时期农业机械化发展战略”、“关于动态跟踪监测预报的遗愿”、“新农村建设的规划问题、水土保持植被建设的思考”、“新农村建设进展问题与对策”的大会特邀报告。来自政府部门、科研院所、大专院校及科技企业近300名代表（包括列席代表）出席了此次会议的开幕式。
9月17日农业工程专题会场共63名正式代表、20名列席代表参加了学术交流，录用论文44篇，收录入中国科协年会光盘版论文集，并在《中国农学通报》上刊登。15名代表分别作了题为：一种可望用于新农村建设的筑路材料、新农村建设进程中的土地政策与土地整理、新农村建设中的水管理问题、屋顶平拉膜连栋温室的研制与应用、菜籽粕浓缩饲用蛋白的产业化开发、我国新农村建设与土壤环境现状及对策、屋顶全开型温室的研制与应用、我国设施农业的发展现状与对策、农牧交错区农田留茬和秸杆覆盖对地表风蚀的影响、农业信息化与社会主义新农村建设、黄土高原沙壤土水平沟波涌灌溉试验研究、依托资源优势发展设施农业促进农民增收、农业机械及装备在社会主义新农村建设中的发展模式教育、农业机器人在农业生产全过程信息化中的重要作用、浅谈建设新农村土地整理的发言。与会代表围绕“农业工程与新农村建设”主题，交流了各自的科研成果和论文，来自生产、科研、培训一线的科技工作者还交流了在新农村建设方面的经验和体会。
通过会前提交的论文以及大会报告、分会场交流，代表们一致认为，“依靠科技、发展生产”是首要任务，发展现代化农业要与建设社会主义新农村相互促进，学术交流要促进科技创新，科技创新要与农民创家业、农村基层组织创事业、乡镇企业创产业相结合，社会主义新农村建设要充分发挥农业工程的学科优势。
会议围绕“农业工程与新农村建设”的主题，就专家、代表们共同感兴趣的问题进行探讨，体现交叉综合、突出重点的原则；对各自专业技术问题进行了研讨，充分体现了专业特色。我们认为，这次会议效果显著，值得我们总结。15名专家的发言都紧扣会议主题，在交流中，代表们认为，农业工程学科优势之一，就是将农业及农业工程单项技术集成组装，形成产业化整体，推广普及农业及农业工程技术，要考虑在新农村建设中的实用性和可操作性，使“发展生产”落实到“产业化”，落实到“经济增长、农民增收、农业增效”上来。
会议最后由中国农业工程学会秘书长秦京光作了总结。
《科学时报》记者对农业现代化与新农村建设专题分会场活动进行了专访，9月18日该报刊登了题为《“扛着锄头坐电梯”不是社会主义新农村》一文，并对卢良恕、汪懋华、陈章良、朱明、杨邦杰等院士专家们的报告作了报导。中国政协新闻网就杨邦杰参加此次会议并作报告进行了报道。与会代表们认为此次会议的组织形式非常好，既活跃了气氛，又能使代表们进行相互交流。会议较好地圆满完成了预定任务，是一次成功的会议。
同期中国农业工程学会作为协办单位参加了由北京市农委、市农业局、市农林科学院联合主办的2006中国科协年会“新农村建设与都市型现代农业论坛”，中国农业工程学会组织畜牧工程专业委员会提交了《北京畜牧业可持续发展的思考和建议》报告，并推荐来自能源、环保、设施园艺、畜牧工程等领域的5位专家参加了该活动。